Huyện Bù Đăng vốn là quận Đức Phong của tỉnh Phước Long, được thành lập năm 1956. Quận Đức Phong có 2 tổng 3 xã, quận lỵ đặt tại xã Bù Đăng, tổng Bù Đăng.

Năm 1976, quận Đức Phong trở thành huyện Bù Đăng thuộc tỉnh Sông Bé.

Năm 1977, huyện Bù Đăng cùng với 2 huyện Phước Bình và Bù Đốp nhập lại thành huyện Phước Long.

Tháng 11 năm 1988, huyện Bù Đăng được tái lập do tách ra từ huyện Phước Long.

Khi tách ra, huyện Bù Đăng có 7 xã: Đak Nhau, Đoàn Kết, Đồng Nai, Minh Hưng, Nghĩa Trung, Thọ Sơn, Thống Nhất.

Ngày 5 tháng 12 năm 1991, thành lập xã Đức Liễu trên cơ sở điều chỉnh địa giới hành chính xã Nghĩa Trung.

Ngày 1 tháng 8 năm 1994, thành lập thị trấn Đức Phong (thị trấn huyện lị huyện Bù Đăng) trên cơ sở điều chỉnh địa giới hành chính xã Đoàn Kết; thành lập xã Đăng Hà trên cơ sở điều chỉnh địa giới xã Thống Nhất.

Ngày 26 tháng 12 năm 1997, thành lập xã Bom Bo trên cơ sở 6.280 ha diện tích tự nhiên và 1.358 nhân khẩu của xã Đak Nhau; 6.400 ha diện tích tự nhiên và 2.010 nhân khẩu của xã Minh Hưng.

Ngày 5 tháng 4 năm 2002, thành lập xã Phước Sơn trên cơ sở 5.500 ha diện tích tự nhiên và 1.690 nhân khẩu của xã Đoàn Kết, 4.800 ha diện tích tự nhiên và 3.151 nhân khẩu của xã Thống Nhất.

Ngày 16 tháng 5 năm 2005, thành lập xã Phú Sơn trên cơ sở 12.042 ha diện tích tự nhiên và 4.794 nhân khẩu của xã Thọ Sơn.

Ngày 28 tháng 7 năm 2007, thành lập xã Nghĩa Bình thuộc huyện Bù Đăng trên cơ sở điều chỉnh 4.818 ha diện tích tự nhiên và 5.139 nhân khẩu của xã Nghĩa Trung.

Ngày 11 tháng 3 năm 2008, thành lập xã Bình Minh trên cơ sở điều chỉnh 13.286,34 ha diện tích tự nhiên và 11.201 nhân khẩu của xã Bom Bo.

Ngày 10 tháng 4 năm 2009, thành lập xã Đường 10 trên cơ sở điều chỉnh 8.837 ha diện tích đất tự nhiên và 6.239 người của xã Đắk Nhau.